Использование ЕНИС позволяет: пресекать экономическую преступность; предотвращать мошенничество и нарушение нотариусами, физическими и юридическими лицами законодательства при совершении нотариальных сделок; формировать статистические отчеты в автоматизированном режиме; нотариусам получать достоверную и актуальную информацию о физических, юридических лицах, об их движимом и недвижимом имуществе, а также земельных участках, проверить действительность документов; экономить время за счет получения нотариальных услуг в электронном формате; защищать от мошеннических действий, в частности, фактов подделки документов и незаконного отчуждения движимого и недвижимого имущества.

При этом принцип конфиденциальности при работе в ЕНИС аналогичен работе при обработке документов вручную. Так, вводимая информация является закрытой и недоступна для других нотариусов и пользователей системы. Наряду с этим, в ЕНИС производится только регистрация нотариальных действий, но не вносится содержание самого документа. При таких обстоятельствах тайна совершения нотариальных действий, предусмотренная Законом «О нотариате», не нарушается. Применение ЕНИС также исключает возможность регистрации сделки «задним» числом и ведения «двойных» реестров.

Кроме того, все вводимые сведения о лицах, обратившихся за совершением нотариального действия, перепроверяются в ЕНИС через государственные базы данных, и совершение ими в данном случае противоправных действий невозможно. На практике часто встречаются факты мошенничества, когда для совершения сделок используются украденные паспорта и удостоверения личности, объекты недвижимости, в том числе находящиеся под арестом, продаются по подложным документам. Есть и  другие примеры, когда один из супругов втайне от другого реализует совместно нажитое имущество. В связи с этим необходимо отметить, что ЕНИС создает дополнительные условия для защиты прав и законных интересов граждан и дает огромные возможности для сокращения времени обслуживания граждан у нотариусов. Кроме того, с 1 января 2013 года введена электронная регистрация прав на недвижимое имущество через ЕНИС. Данная процедура кардинально упрощена, так что гражданам при осуществлении государственной регистрации прав на недвижимое имущество  обращение в ЦОН не требуется. При удостоверении у нотариуса договоров отчуждения объектов недвижимости, электронное извещение о совершенной сделке через систему ЕНИС автоматически поступает в органы юстиции и в течение одного дня регистрируется право нового собственника. В целом, преимуществом вышеуказанных процедур для юридических и физических лиц является экономия времени и денег, исключение обращений в центры обслуживания населения.